工程结算的纠纷项目部（甲方）与施工队（乙方）签订劳务协议合同，施工队承包一部分工程。承包方式为包工包料，合同规定，甲方按乙方每月实际进度计量的92%支付工程款，5%收取管理费，3%作为保留金。1、在施工过程中，项目部与项目组以及其他标段签（丙方）三方签订合同制梁，施工队（乙方）并未参与实际施工，请问对于其这笔制粱款：3262832元，结算时应该由谁负担？项目部将这笔制粱款直接从乙方扣除是否合理？2、在施工过程中发生的桥梁支座处理费：995632元，根据委托实验检测报告显示桥梁橡胶制作检测报告结果为不合格，请问这笔费用在结算时又应该由谁来承担？